Программа будет работать на любом дистрибутиве Linux, т.к. иделология операционной системы, в общем-то везде одна и та же. Для работы программы не используется ничего экстраординарного - только обычный набор системных команд, общих для всех linux-дистрибутивов, PHP, MySQL и штатные возможности Netfilter.
По параллельной работе со Squid и SAMS: Squid всегда успешно уживался с Iptables и не будет никаких проблем если Вы используете Fantomas параллельно - squid и iptables работают совсем по разным технологиям... Squid это прокси, которым Вы рулите с помощью SAMS, а Iptables это совсем другая история, это уже пакетный файлвол, который, как я полагаю, Вы настраиваете стандартно командами консоли или редактированием файла iptables... Если установите Fantomas, то получите более удобное средство для управления правилами iptables, плюс еще возможность считать трафик, проходящий через iptables и т.д. и т.п..
А что касается параллельного использования PHP и MySQL - никаких проблем не возникнет, единственное что Fantomas делает для своего удобства - это создает линк /bin/php, ссылающийся на оригинальный PHP. В MySQL создается БД под именем "fantomas", это никак не может мешать SAMS'у. Мы же не пытаемся создавать таблицы в чужих базах
